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生產(chǎn)中常用的發(fā)酵劑微生物種類有酵母菌、霉菌和菌，它們在發(fā)酵過程中的作用各不相同。微生物作用所產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物也影響著成品的特性，發(fā)酵劑的種類及其作用過程決定著發(fā)酵腸的最終品質(zhì)。
常用的發(fā)酵劑微生物的種類有酵母菌、霉菌和菌。這些微生物對發(fā)酵腸的色澤、風(fēng)味的形成以及衛(wèi)生品質(zhì)起著極其重要的作用。目前， 最常用的是植物菌、戊糖片球菌、清酒乳菌等乳酸菌。
但是，非致病性葡萄球菌和微球菌常與乳酸菌一起用于發(fā)酵腸的生產(chǎn)。這類菌主要與香腸的風(fēng)味和色澤有關(guān)，被稱為發(fā)酵腸中的“風(fēng)味”菌。通常用的發(fā)酵劑菌種是保加利亞乳菌和嗜熱鏈球菌混合發(fā)酵劑。2種菌株的混合比例對發(fā)酵腸的風(fēng)味和品質(zhì)起重要作用，常用比例是1：1或1：2。
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